Flygvapenfrivilligas Riksförbunds högsta instans är Riksförbundsstämman som sammanträder vart annat år och leds av Riksförbundets ordförande.
Riksförbundsstyrelsen (RFS) är stämmans verkställande och förvaltande instans, som leds av Riksförbundsstyrelsens ordförande.
RFS har under sig organiserat ett kansli med en generalsekreterare som chef för kansliet.
Generalsekreterare med kansli ansvarar för operativ planering, ledning och uppföljning av organisationens verksamhet, enligt de riktlinjer som riksförbundsstyrelsen fastställer Det inbegriper även dialoger med Försvarsmakten och Myndigheten för samhällsskydd och beredskap. Kansliets uppgift är att omsätta riksförbundsstyrelsens beslut och att utgöra ett beredningsorgan. Kansliet stödjer även våra fem regioner, vid såväl planering som genomförande.
Kansliets personal utgör organisationens enda anställda personal, övriga poster inom organisationen bemannas av förtroendevalda medlemmar.