Flygvapenfrivilliga Riksförbunds högsta instans är Riksförbundsstämman som sammanträder vart annat år och leds av Riksförbundets ordförande.
Riksförbundsstyrelsen (RFS) är stämmans verkställande och förvaltande instans, som leds av Riksförbundsstyrelsens ordförande.
RFS har under sig organiserat ett kansli med en generalsekreterare som chef för kansliet.
Generalsekreterare med kansli ansvarar för operativ planering, ledning och uppföljning av organisationens verksamhet, enligt de riktlinjer som Riksförbundsstyrelsen har fastställt. Det inbegriper även dialoger med Försvarsmakten och Myndigheten för samhällsskydd och beredskap. Kansliets uppgift kan kortfattat sägas vara att omsätta RFS beslut och utgöra ett beredningsorgan. Kansliet stödjer även regioner och förbund vid såväl planering som genomförande.
Kansliets personal utgör organisationens enda anställda personal, övriga poster inom organisationen bemannas av förtroendevalda medlemmar.